No processo da expulsão dos Jesuítas de território português, uma das alegações do Marquês de Pombal foi a de que a Companhia de Jesus atrasava o desenvolvimento do país. Hoje, a História da Ciência reconhece que a Companhia de Jesus foi um dos grandes impulsionadores do conhecimento científico em Portugal e a chamada Sala da Aula da Esfera que, entre os séculos XVI e XVIII, integrava o Colégio de Santo Antão, é disso eloquente testemunho. Pedro Nunes, um dos maiores matemáticos da Europa Renascentista, foi, aliás, muito difundido pela rede de colégios jesuítas no mundo. No Museu de Marinha, encontramos o célebre Nónio de Pedro Nunes.